Penglibatan pelajar dalam persatuan dan kelab telah menjadi suatu kemestian, sejajar dengan Falsafah Pendidikan Kebangsaan untuk melahirkan individu yang berilmu pengetahuan, berketrampilan, berakhlak mulia, bertanggungjawab dan berkeupayaan untuk mencapai kesejahteraan diri serta memberikan sumbangan terhadap keharmonian dan kemakmuran keluarga, masyarakat dan negara. Melalui penglibatan pelajar dalam persatuan dan kelab, akan memupuk sediri menjadi lebih berdaya saing dan maju ke hadapan. Antara persatuan dan nadi yang terdapat di Maahad Johor adalah seperti berikut:-

1. NADWI
2. Persatuan Bahasa Melayu
3. Persatuan Bahasa Inggeris
4. Nadi Pembimbing Rakan Sebaya (PRS)
5. Nadi SPBT
6. Nadi Huffaz
7. Nadi Kesenian dan Kebudayaan
8. Nadi STEM
9. Nadi Memanah

Pihak Maahad Johor sentiasa komited untuk melahirkan pelajar yang bukan sahaja cemerlang di bidang akademik, malah aktif di bidang kokurikulum.