Maahad Johor merupakan sekolah berkonsepkan asrama penuh. Oleh itu, kemudahan asrama turut disediakan bagi penginapan pelajar. Maahad Johor mempunyai dua blok asrama, yakni blok aspura dan blok aspuri. Asrama Maahad Johor mampu memuatkan maksima 300 pelajar lelaki dan 300 pelajar perempuan pada satu-satu masa. Terdapat lebih kurang 30 dorm yang digunakan bagi kemudahan penginapan di blok aspura dan blok aspuri. Di dalam setiap dorm terdapat 5 buah katil bertingkat dua (double decker), almari pakaian, ampaian baju, beserta meja dan kerusi. 2 buah bilik air disediakan bagi setiap aras, dan setiap bilik air mempunyai 5 bilik mandi, 5 tandas beserta kemudahan sinki dan mesin basuh serta ruangan membasuh pakaian. Ampaian besar disediakan di aras bawah asrama. Di samping itu, turut disediakan kemudahan bilik rawatan, bilik gosok, bilik tetamu dan bilik gerakan pelajar bagi setiap asrama. Sebuah bilik penyelia asrama dan 2 buah kuarters warden juga turut disediakan di aras bawah asrama. Setiap asrama mempunyai kantin yang turut menawarkan makanan snek ringan kepada pelajar.