Di Maahad Johor, pihak sekolah juga tidak ketinggalan di dalam penglibatannya secara aktif di dalam unit badan beruniform. Antara unit badan beruniform yang terdapat di Maahad Johor adalah seperti:-

1. Persatuan Bulan Sabit Merah (PBSM)
2. Kadet Remaja Sekolah (KRS)
3. Puteri Islam
4. Angkatan Pertahanan Awam Malaysia (APM - dahulunya lebih dikenali sebagai JPAM)

Pelajar adalah diwajibkan untuk menyertai salah satu daripada unit badan beruniform yang ditawarkan di Maahad Johor, sebagai memenuhi keperluan kokurikulum mereka. Kehadiran adalah wajib bagi semua pelajar. Aktiviti-aktiviti akan diselaraskan oleh setiap penyelaras unit badan beruniform. Ini bagi memastikan para pelajar Maahad Johor tidak ketinggalan di dalam bidang kokurikulum mereka.

*Terkini : Mulai tahun 2021, pelajar perempuan hanya dibenarkan menyertai Kadet Remaja Sekolah (KRS) atau Puteri Islam, manakala pelajar lelaki hanya dibenarkan menyertai PBSM atau Angkatan Pertahanan Awam Malaysia (APM)