Blok akademik Maahad Johor menempatkan kelas bagi para pelajar Tingkatan 1 - 6. Blok ini mempunyai 17 bilik darjah, dewan kecil (Dewan Harun Ar-Rasyid), bilik guru perempuan, makmal, bilik operasi SPBT (BOS),  makmal komputer, bilik unit penilaian dan peperiksaan (UPP), bilik kaunseling serta koperasi sekolah. Disini kebanyakan aktiviti pengajaran dan pembelajaran (PdPc) berlangsung. Pada musim peperiksaan awam seperti STAM dan MUET, blok akademik ini juga akan digunakan sebagai pusat dan bilik peperiksaan. Pelbagai kemudahan yang disediakan di blok ini, yang memudahkan proses PdPc guru dan pelajar. Di samping itu juga, turut disediakan beberapa wakaf / pondok di sekitar blok ini demi keselesaan pelajar.