Perpustakaan sekolah, atau lebih dikenali sebagai Maktabah di kalangan guru dan pelajar, merupakan salah satu fasiliti yang terdapat di blok pentadbiran Maahad Johor. Maktabah ini mempunyai sumber bahan bacaan dan sumber rujukan dalam pelbagai bidang. Antara kemudahan yang disediakan di Maktabah adalah seperti kemudahan komputer dan internet, bilik audio visual serta ruangan belajar privasi bagi kemudahan pelajar. Keselesaan yang disediakan di maktabah seperti sofa dan penyaman udara menjadikan fasiliti ini sebagai salah satu fasiliti kegemaran pelajar pada waktu lapang mereka. Maktabah dibuka dari jam 7.30am - 5pm (Ahad - Rabu), 7.30am - 3.30pm (Khamis). Pembukaan Maktabah pada waktu malam dan hujung minggu akan dimaklumkan dari semasa ke semasa.