Logo Maahad Johor menggunakan lima warna asas, yakni merah, putih, kuning, biru dan hijau.

MERAH ---> Melambangkan semangat keberanian yang mesti ada dalam diri pelajar dalam menghadapi kehidupan

PUTIH ---> Melambangkan kesucian, keluhuran, dan keikhlasan hati setiap pelajar dalam menuntut ilmu pengetahuan

KUNING ---> Warna diraja yang melambangkan kemuliaan dan sinaran ilmu. Tanpa ilmu seeorang manusia tidak akan dipandang mulia di mata masyarakat

BIRU ---> Melambangkan keagungan Negeri Johor Darul Takzim, juga semangat perpaduan antara guru dan pelajar dalam merapatkan lagi ukhuwah yang sedia ada

HIJAU ---> Lambang keikhlasan sesuai dengan Maahad ini di mana mata pelajaran yang berorientasikan agama Islam. Ini juga menunjukkan kesuburan ilmu pengetahuan

BULAN SABIT ---> Islam sebagai agama rasmi kita

OBOR ---> Ilmu menerangi hidup sepanjang masa